本指南用于介绍研究思路，不替代产品说明书、项目专属方案或已发表论文。
把科学问题转化为可比较的条件
首先确定实验需要比较的变量，例如不同处理状态或不同研究体系。分组应围绕可回答的研究问题展开，避免把样品数量增加误认为实验设计更完整。
用阴性对照评估背景
化学标记和亲和富集均可能产生背景信号。适当的阴性对照有助于评估非特异富集，并为解释处理组中观察到的变化提供参照。具体对照方案需结合研究体系制定。
区分生物学重复与技术重复
生物学重复用于评估独立样品之间的差异与一致性；技术重复用于了解检测过程的稳定性。二者回答不同问题，不能简单互相替代。重复数量应在项目设计阶段确定。
提前规划结果解释
在采样前明确目标分析：蛋白鉴定、差异富集、定量比较或靶蛋白验证。不同目标对实验分组、样品质量及后续验证有不同要求。