本指南用于介绍研究思路，不替代产品说明书、项目专属方案或已发表论文。
蛋白鉴定回答哪些蛋白被检测到
蛋白鉴定是结果解析的起点。被检测到的蛋白清单需要结合样品类型、对照结果和检测方法理解，不宜脱离实验设计解释其生物学意义。
定量与差异分析依赖研究设计
比较不同分组时，需要关注样品可比性、重复设置和数据处理策略。差异富集或差异表达反映的是实验条件下的观察，不直接证明某个蛋白的功能改变。
功能富集提供研究线索
GO 与 KEGG 分析可帮助整理与结果相关的功能类别和通路。它们提供后续研究线索，其解释需要考虑背景蛋白集、统计方法与研究情境。
从关联走向验证
蛋白富集、修饰位点鉴定与生物学功能验证是不同层次的证据。对于关键发现，可设计目标蛋白验证、位点分析或功能实验，以逐步完善证据链。